O que é um certificado digital e para que serve ? 
Falando de forma didática, um certificado digital é um arquivo fornecido por uma Autoridade Certificadora a uma pessoa ou uma empresa.
Essa Autoridade Certificadora funciona como uma espécie de cartório da era digital, garantindo que o dono desse arquivo (e de seu PIN - ou senha) é realmente essa pessoa ou empresa.
O certificado é disponibilizado em dois formatos: como um arquivo (A1) ou como um cartão com chip (A3).
Por que eu preciso disso ?
Você precisa disso obrigatoriamente para emitir notas fiscais eletrônicas.
Essa é a forma que o governo possui de ter certeza que a pessoa emitindo a NF-e é realmente quem diz ser, isso garantido por uma Autoridade Certificadora.
Qual é o mais seguro ? O certificado A1 ou A3 ?
Existe uma falsa sensação de que o certificado A3 é mais seguro, pois ele se baseia em um cartão físico que de acordo com a legislação deve estar presente no computador que faz o acesso aos serviços do governo.
Só que o maior problema é que você não consegue limitar o que um certificado e-CNPJ A3 pode fazer, por exemplo: você entrega ao seu funcionário o cartão e fornece a ele a senha para emitir Notas Fiscais Eletrônicas. Entretanto, uma vez de posse do cartão e da senha, essa pessoa pode acessar todo e qualquer serviço da Receita Federal, Secretaria da Fazenda ou Prefeitura – em nome do dono da empresa – podendo fazer um real estrago.
Agora por outro lado ao usar o Certificado A1 aliado ao Omie, temos um maior nível de segurança pois o arquivo é carregado pelo administrador do sistema uma única vez, que fornece a senha na mesma ocasião. O seu funcionário acessa o sistema Omie para emitir notas fiscais mas não tem acesso ao certificado e muito menos à senha. E ainda tem a praticidade e emitir NF-e por tablets ou por diversos computadores ao mesmo tempo.
Qual a diferença entre o certificado e-CNPJ e o NF-e
Ambos existem em formato A1 e A3, mas o certificado NF-e permite apenas a emissão de notas eletrônicas, não podendo acessar outros serviços do governo. Só que o certificado NF-e é muito mais caro, pois na verdade ele foi pensado para grandes empresas que possuem um alto volume de notas fiscais.
Isso acontece porque  a cada nota emitida é feito um acesso de validação ao servidor da entidade emissora do certificado, e para grandes volumes essa estrutura precisa ser mais robusta. Por isso que para pequenas e médias empresas, normalmente é recomendado o e-CNPJ. 
Tome cuidado!
Sistemas que fazem uso de recursos de mapeamento remoto de porta USB para compartilhar um Certificado A3 ou utilizá-lo em sistemas Web estão violando a licença de uso  do certificado e a legislação pertinente, tornando-o inválido perante a lei.

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